Patomorfologia jest interdyscyplinarna, to znaczy bierze udział w diagnostyce i leczeniu chorób wielu specjalności, poczynając od onkologii poprzez wszystkie zabiegowe działy medycyny, a kończąc na dermatologii oraz pracach badawczych.
Zwykle pacjent nie spotyka się bezpośrednio z lekarzem patomorfologiem pracującym w warunkach laboratoryjnych.
Szczególnym działem patomorfologii jest histopatologia, zajmująca się badaniem i rozpoznawaniem zjawisk mikroskopowych, zachodzących w komórkach oraz tkankach organizmu wskutek różnych schorzeń. Wraz z postępem technologicznym możliwości praktycznego wykorzystania histopatologii w praktyce wciąż rosną. Badania materiału tkankowego (pobranych wycinków, usuniętych narządów lub ich fragmentów) pozwalają rozpoznawać i oceniać stopień zaawansowania chorób nowotworowych, wielu schorzeń zapalnych i zwyrodnieniowych, monitorować skuteczność terapii, stwierdzić przyczynę zgonu.
Obecnie patomorfologia jest częścią bardziej ogólnej nauki o chorobach (patologii). Jednocześnie jest nauką stosowaną i podstawową specjalizacją lekarską, stosującą szeroki zestaw metod (biopsje, mikroskopię wraz z cyfrową analizą obrazu, mikroskopię wirtualną, telemedycynę, cytochemię i histochemię, biologię molekularną, sekcje zwłok), niezastąpioną zwłaszcza we współczesnej diagnostyce chorób nowotworowych. Odgrywa ona istotną rolę nie tylko w procesie formułowania ostatecznego rozpoznania, ale ma też duży udział w ocenie czynników ryzyka, stadium zaawansowania choroby, złośliwości histologicznej oraz prognozowaniu i nadzorowaniu chorych.